Intercessiones factores in PC reactiones

Per per reactionem, quidam factores impedimento saepe congressi sunt.
Ob summam PCR sensus sensibilitatem, contaminatio censetur unus ex praecipuis factoribus qui per eventum afficiunt et falsos eventus positivos producere possunt.
Pariter critici sunt varii fontes qui ad eventus falsi-negativos ducunt. Si una vel plures partes essentiales PCR mixtionis vel amplificationis ipsae reactionis inhibentur vel impediuntur, impediri potest diagnostica tentatio. Hoc efficere potest ad efficientiam reducendam et eventum negativum etiam falsum.
Praeter inhibitionem, damnum scopum acidi nuclei integritas fieri potest ob condiciones navium et/vel repono ante praeparationem sample. Praesertim altae temperaturae vel inadaequatae repositionis damnum cellularum et acidarum nucleiculorum ducere possunt. Cellae et textus fixationis et paraffini embedendi notae sunt causae DNA ruptionis et quaestionis persistentis (vide figuras 1 et 2). His in casibus, etiam optimalis solitudo et purificatio non adiuvabunt.

Figure 1 | Effectus immobilitatis in DNA integritas
Agarose gel electrophoresis ostendit qualitatem DNA separatam a paraffin sectionibus autopsiarum aliquantum variari. DNA diversorum mediocris fragmenti longitudinum aderat in excerptis pendens a methodo fixationis. DNA solum servatum est, cum exemplaria congelata in nativis fixis et in neutrali formalino buffered. Usus validi acidici Bouin fixativi vel nonferidi, acido-formico-continente formalino in notabili detrimento DNA consecuta est. Reliquae fractio valde fracta est.
Ad sinistram longitudinem fragmentorum in paribus kilobasis exprimitur.

Figure 2 | Amissio integritatis scutorum acidorum nuclei
(a) A 3′-5′ hiatus in utraque fila proveniet in intermissione in scopo DNA. synthesis DNA adhuc in parvo fragmento occurrit. Si tamen primarium furnum situs in DNA fragmento deest, amplificatio tantum linearis occurrit. In aequissimo casu, fragmenta se invicem resactura esse possunt, sed fructus parvus et infra detectus erit gradus.
b) Amissio basium, maxime ob depurinationem et thymidinem formationem dime- riorem, ad diminutionem ducit in numero vinculorum H et diminutionis in Tim. Tempore calefactionis elongatae periodi primarii a matrice DNA tabescent et sub condicionibus minus strictioribus ne anneales erunt.
(c) Thymines adjacentes bases TT dimer formant.
Alia quaestio communis, quae saepe in diagnosticis hypotheticis occurrit, est minus quam optima emissio scoporum acida nucleica comparata cum extractione phenol-chloroformi. In casibus extremis, hoc modo cum negativis falsis coniungi potest. Multum tempus servari potest per digestionem lysin vel enzymaticam obstantia cellularum decoctionis, sed haec methodus saepe efficit sensum gravem PCR ob sufficientem emissionem acidum nucleicum.

Inhibitionis polymerase actio in amplificatione

Fere inhibitio adhibetur ut conceptus continens omnes causas describendas quae ad suboptimal PCR eventus ducunt. Inhibitio stricte diam in sensu activitate enzyme limitatur, seu conversionem substratam productam reducit vel prohibet per commercium cum activo situ DNA polymerasi vel eius cofactoris (eg, Mg2+ pro Taq DNA polymerase).
Componentes in sample vel variis buffers et extractis regentibus continentibus cofactores eius (eg EDTA) directe inhibere possunt enzyme vel captionem eius, inde polymerasin activum et vicissim ad diminutionem vel falsam negativam PCR proventus.
Sed multae interationes inter components reactionem et acida nucleica continente etiam "PCR inhibitores" designantur. Semel integritas cellae solitariae et acidi nuclei dimissa est, interactiones inter specimen et solutionem circumiacentem et periodum solidam fieri possunt. Exempli gratia, 'scalatores' possunt DNA singularia vel duplici subductis ligare per interactiones non covalentes et seiunctionem et purificationem impedire, minuendo numerum scutorum quae tandem per vas reactionem attingunt.
In genere, PCR inhibitores insunt in plerisque humoribus et reagentibus adhibitis pro tentationibus diagnosticis clinicis (ureae in urina, haemoglobin et heparin in sanguine), supplementa puritatis (partium organicarum, glycogenorum, pinguium, ca2+ionum) et partium in ambitu (phenolorum. , Metalla gravis)

Plures PCR inhibitores in bacteria et eukaryoticis cellis, non-scopis DNA, DNA ligantes macromolecula textorum matricis et instrumento laboratorio ut chirothecae et materia plastica inveniri possunt. Purificatio acida nucleica in vel post extractionem potior methodus est removendi PCR inhibitores.
Hodie, variis instrumentis extractionis automated multa protocolla manualia substituere possunt, sed 100 recuperatio et/vel scoporum purificatio numquam consecuta est. Potentiales inhibitores in acida nucleica purificati adhuc adesse possunt vel effectum iam consecutum esse. Varia consilia sunt ad minuendum impulsum inhibitorum. Electio polymerasi propriae notabilem ictum in inhibitoris actione habere potest. Aliae rationes probatae ad reducendum PCR inhibitionem augentur concentrationis polymerasis vel additivis applicandis ut BSA.
Inhibitio per reactiones per usum processus qualitatis internae (IPC) demonstrari potest (IPC).
Cavendum est ut omnes regentes aliasque solutiones in ornamentum extractionis removeant, ut ethanol, EDTA, CETAB, LiCl, GuSCN, SDS, isopropanol et phenol, ab acido nucleico penitus lavacro passu segregato. Secundum intentionem suam, possunt movere vel inhibere PCR.