Peractio quattuor probationum amplificationis acidorum nucleicorum ad SARS-CoV-2 in Aethiopia identificandum.

Gratias tibi ago quod Nature.com invisisti. Versione navigatri uteris quae CSS sustinet limitatum. Pro optima experientia, commendamus ut navigatro recentiore utaris (aut Modum Compatibilitatis in Internet Explorer debilites). Praeterea, ut auxilium continuum praestemus, situm sine stylis et JavaScript monstramus.
Series trium diapositivarum simul ostendit. Utere bullis "Prior" et "Sequens" ad tres diapositivas simul movendas, vel bullis cursoribus in fine ad tres diapositivas simul movendas utere.
Post eruptionem morbi coronaviri (COVID-19) anni 2019, multae probationes amplificationis acidorum nucleicorum (NAATs) commerciales toto orbe terrarum elaboratae sunt et in probationes normales factae sunt. Quamquam nonnullae probationes celeriter elaboratae et ad probationes diagnosticas laboratorio adhibitae sunt, effectus harum probationum in variis condicionibus nondum aestimatus est. Quapropter, hoc studium propositum habuit aestimare effectum probationum Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, et Sansure Biotech utens Standardo Referentiae Composito (CRS). Studium apud Institutum Salutis Publicae Aethiopicae (EPHI) a die 1 ad 30 Decembris 2020 peractum est. 164 exempla nasopharyngea extracta sunt utens apparatu QIAamp RNA mini et systemate praeparationis exemplorum DNA Abbott. Ex 164 speciminibus, 59.1% positiva et 40.9% negativa pro CRS fuerunt. Positivitas Sansure Biotech significanter humilis erat comparata cum CRS (p < 0.05). Positivitas Sansure Biotech significanter humilis erat comparata cum CRS (p < 0.05). оложительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p< 0,05). Resultata positiva Sansure Biotech significanter inferiora erant comparata cum CRS (p < 0.05).CRS Sansure Biotech p <0.05）。CRS Sansure Biotech p <0.05）。 Sansure Biotech было значительно еньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech significanter pauciores eventus positivos comparata cum CRS habuit (p < 0.05).Concordantia generalis quattuor analysium erat 96.3–100% comparata cum CRS. Praeter humilem proportionem positivitatis probationis Sansure Biotech, effectus quattuor probationum fere comparabilis erat. Itaque, probatio Sansure Biotech [Research Only (RUO)] validationem ulteriorem requirit ad usum suum in Aethiopia. Denique, investigationes ulteriores considerandae sunt ad probationes cum assertionibus fabricatoris congruis aestimandas.
Examen laboratorium pars est Consilii Strategici pro Morbo Coronavirus 2019 (COVID-19) Praeparationis et Responsionis (SPRP) Organizationis Mundi Sanitatis (OMS). OMS monet ut nationes capacitatem laboratorium augere debeant ad meliorem praeparationem, rectam administrationem casuum, vigilantiam et celerem responsionem ad provocationes salutis publicae. Hoc suggerit munus laboratorium clavem esse ad morbum et epidemiologiam agentium infectiosorum emergentium describendam et eorum propagationem coercendam.
Diagnosis COVID-19 requirit informationem epidemiologicam et medicam, symptomata/signa personalia, et data radiographica et laboratorium2. Ex quo eruptio COVID-19 Wuhani in Sinis nuntiata est, multae probationes amplificationis acidorum nucleicorum (NAATs) commerciales toto orbe terrarum evolutae sunt. Reactio concatenationis polymerasis transcriptionis reversae in tempore reali (rRT-PCR) adhibita est ut methodus consueta et norma ad diagnosim laboratorium infectionis syndromae respiratoriae acutae gravis 2 (SARS-CoV-2)3. Detectio molecularis SARS-CoV-2 typice fundatur in genibus N (gene proteini nucleocapsidis), E (gene proteini involucri), et RdRp (gene RNA-dependent RNA polymerasis) in regione ORF1a/b (gene open reading frame 1a/b) identificata ex genoma virali. Hae habentur ut principales regiones conservatae inventae in genoma virali ad recognitionem virus4. Inter haec gena, gena RdRp et E habent sensibilitatem detectionis analyticam magnam, dum gen N sensibilitatem analyticam humilem habet5.
Effectus probationum PCR variari potest secundum varios factores, ut: reagentia extractionis, reagentia amplificationis/detectionis, methodum extractionis, qualitatem machinae PCR et alia instrumenta. Mense Aprili 2020, plus quam 48 diversa instrumenta diagnostica ex novem nationibus Auctoritatem Usus Emergentiae (EUA) ad diagnostica COVID-196 acceperunt. In Aethiopia, plus quam 14 suggesta PCR in tempore reali ad detectionem PCR SARS-CoV-2 apud 26 institutiones salutis publicae adhibentur, inter quas ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 et Quant-studio7. Praeterea, varia instrumenta probationum PCR praesto sunt, ut probatio Daan Gene, probatio Abbott SARS-CoV-2, probatio Sansure Biotech, et probatio SARS-CoV-2 BGI. Quamquam rRT-PCR valde sensibilis est, quidam aegroti cum COVID-19 eventus falsos negativos referunt propter copias insufficientes acidi ribonucleici (RNA) viralis in exemplaribus propter collectionem, translationem, conservationem et tractationem, et probationes laboratorium improprias. condiciones et actiones personarum8. Praeterea, mala tractatio exemplorum vel moderaminum, constitutio liminis cycli (Ct), et reactio transversa cum aliis acidis nucleicis pathogenicis vel RNA SARS-CoV-2 inactivo/residuali ad eventus falsos positivos in probationibus rRT-PCR9 ducere possunt. Itaque, manifestum est probationes PCR revera vectores fragmentorum genorum identificare posse, cum ne inter genes virales vere activas distinguere quidem possint, ita probationes tantum vectores, non aegros, identificare possunt10. Quapropter, interest efficaciam diagnosticam methodis consuetis in nostro contextu aestimare. Quamquam multa reagentia NAAT apud Institutum Salutis Publicae Aethiopicae (EPHI) et per totam regionem praesto sunt, nulla aestimatio comparativa efficaciae eorum adhuc relata est. Ergo, hoc studium proposuit aestimare efficaciam comparativam instrumentorum commercialiter praesto ad detectionem SARS-CoV-2 per rRT-PCR utens speciminibus clinicis.
In hoc studio in summa 164 participes, quibus suspicio COVID-19 erat, inclusi sunt. Plerique exemplorum ex centris curationis erant (118/164 = 72%), dum reliqui 46 (28%) participes ex centris non curationis. Inter participes in centro non curatos, 15 (9.1%) casus clinicos suspectos habebant et 31 (18.9%) contactus casuum confirmatorum habebant. Nonaginta tres (56.7%) participes mares erant, et aetas media (± deviatio standardis) participum 31.10 (± 11.82) anni erat.
In hoc studio, rationes positivae et negativae quattuor probationum COVID-19 determinatae sunt. Itaque rationes positivae probationum Abbott SARS-CoV-2, probationum Daan Gene 2019-nCoV, probationum SARS-CoV-2 BGI, et probationum Sansure Biotech 2019-nCoV erant 59.1%, 58.5%, 57.9% et 55.5% respective. Valores positivi et negativi normae compositae referentialis (CRS) erant 97 (59.1%) et 67 (40.9%) respective (Tabula 1). In hoc studio, definitio CRS in regula "quilibet positivus" fundata est, qua ex quattuor probationum resultatibus, duo vel plura probationum resultata quae eundem exitum dederunt veri positivi vel negativi habebantur.
In hoc studio, consensum negativum percentuale (NPA) 100% (95% CI 94.6–100) pro omnibus analysibus comparatis cum CRS invenimus. Analysis Sansure Biotechnology PPA minimum 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ostendit et analysis Daan Gene 2019-nCoV consensum generalem 99.4% (95% CI 96.6-99.9) habuit. Contra, consensus generalis inter analysin SARS-CoV-2 BGI et analysin Sansure Biotech 2019-nCoV 98.8% et 96.3% respective erat (Tabula 2).
Coefficiens kappa Coheni congruentiae inter CRS et eventus probationis Abbott SARS-CoV-2 plene congruens erat (K = 1.00). Similiter, valores kappa Coheni a Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, et Sansure Biotech 2019-nCoV detecti etiam plene congruunt cum CRS (K ≥ 0.925). In hac analysi comparativa, probatio chi-quadrata (probatio McNemar) demonstravit eventus probationis Sansure Biotech 2019-nCoV significanter differre a eventibus CRS (p = 0.031) (Tabula 2).
Ut in Figura demonstratur.Percentatio valoris Ct infimi (< 20 Ct) in experimento Abbott SARS-CoV-2 (genis RdRp et N coniunctis) erat 87.6% et valor Ct geni ORF1a/b in experimento Sansure Biotech 2019-nCoV ostendit percentationem valoris Ct infimi (< 20 Ct) esse 50.3% et valoris Ct alti (36–40 Ct) 3.2%. Percentatio valoris Ct infimi (< 20 Ct) in experimento Abbott SARS-CoV-2 (genis RdRp et N coniunctis) erat 87.6% et valor Ct geni ORF1a/b in experimento Sansure Biotech 2019-nCoV ostendit percentationem valoris Ct infimi (< 20 Ct) esse 50.3% et valoris Ct alti (36–40 Ct) 3.2%.Ut in Figura demonstratur.1, процент наименьшего начения Ct (<20 Ct) анализа Abbatis SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6чение а на. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало то процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое начлокое начлокое 3%в. 1, percentatio valoris Ct infimi (< 20 Ct) in analysi Abbott SARS-CoV-2 (genis coniunctis RdRp et N) 87.6% erat, et valor Ct genis ORF1a/b in analysi Sansure Biotech 2019-nCoV ostendit percentationem valoris Ct infimi (< 20 Ct) 50.3%, et valoris Ct alti (36-40 Ct) 3.2% repraesentasse.1 ABBATIS SARS-CoV-2 RdRp N Ct < 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV ORF1a/b Ct (< 20 Ct) 50.3%，高Ct (36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 Ut in Figura 1 demonstratur, minima percentatio valoris Ct (< 20 Ct) probationis Abbott SARS-CoV-2 (combinatio geni RdRp et N) est 87.6%, valor Ct geni ORF1a/b probationis Sansure Biotech 2019-nCoV ostendit percentationem Ct humilem (< 20 Ct) esse 50.3%, percentationem Ct «⁻¹ (36–40 Ct) esse 3.2%. ак показано на рисунке 1, анализ Abbatis SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое пр<20ентное на) процентное на) процентное на) ен RdRp и N) имел самое низкое пр<200. 87,6%, а начение Ct ена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- нализ nCoV показал низкий Ct. Ut in Figura 1 demonstratur, experimentum Abbott SARS-CoV-2 (gena RdRp et N coniungens) minimum valorem Ct percentuale (< 20 Ct) ad 87.6% habuit, dum valor Ct geni ORF1a/b in studio Sansure Biotech 2019 – analysis nCoV – Ct humilem ostendit. роцент начений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких начений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Percentatio valorum (< 20 Ct) erat 50.3%, et percentatio valorum Ct altorum (36–40 Ct) erat 3.2%.Examen Abbott SARS-CoV-2 B valores Ct supra 30 rettulit. Ex altera parte, in experimento BGI SARS-CoV-2, gen ORF1a/b valorem Ct altum (> 36 Ct) habuit, cuius percentatio 4% erat (Fig. 1). Ex altera parte, in experimento BGI SARS-CoV-2, gen ORF1a/b valorem Ct altum (> 36 Ct) habuit, cuius percentatio 4% erat (Fig. 1). другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ен ORF1a/b имел высокое начение Ct (> 36 Ct), процент которого составого состав. Ex altera parte, in analysi BGI, genum SARS-CoV-2 ORF1a/b valorem Ct altum (> 36 Ct) habuit, cuius percentatio 4% erat (Fig. 1).BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b Ct > 36 Ct）的百分比为4%（图1）。 Ex altera parte, in detectione BGI SARS-CoV-2, proportio geni ORF1a/b cum alto valore Ct (>36 Ct) est 4% (Figura 1). другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. 1). Ex altera parte, in analysi BGI SARS-CoV-2, proportio genorum ORF1a/b cum valoribus Ct altis (>36 Ct) erat 4% (Fig. 1).
In hoc studio, 164 exempla nasopharyngea cepimus. Pro omnibus generibus probationum, isolatio et amplificatio RNA peracta est utens methodis et apparatibus a fabricatoribus respectivis commendatis.
Hoc studium demonstravit examen Abbott pro SARS-CoV-2 eandem efficaciam detectionis habere quam CRS, cum concordantia 100% positiva, negativa, et generali. Concordantia kappa Cohen est 1.00, quae plenam concordiam cum CRS indicat. Simile studium ab Universitate Washingtoniensi in Civitatibus Foederatis Americae factum invenit sensibilitatem et specificitatem generalem examinis Abbott pro SARS-CoV-2 esse 93% et 100% respective, comparatum cum experimento laboratorio determinato (LDA) CDC. 11. Systema detectionis Abbott SARS-CoV-2 innititur detectioni simultaneae compositae genorum N et RdRp, cum ambo gena sint sensibiliora, falsos negativos minuentes12. Studium Vindobonae, in Austria, etiam demonstravit magna volumina exemplorum extractionis et volumina eluentis detectionis effectus dilutionis minuere et efficaciam detectionis auxisse13. Ergo, congruentia perfecta Abbott pro examine SARS-CoV-2 cum systemate detectionis suggestuali coniungi potest quod simul genes combinatorios detegit, magnum numerum exemplorum extrahit (0.5 ml), et magnam quantitatem eluentis (40 µl) utitur.
Nostrae investigationes etiam demonstraverunt efficaciam detectionis probationis geneticae Daan fere eandem fuisse ac CRS. Hoc congruit cum studio14 facto apud Universitatem Anhui in Huainan, Sinis, et affirmatione fabricatoris de consensu 100% positivo. Quamquam relationes de eventibus constantibus factae sunt, unum exemplum falso negativum erat post iterum probationem eiusdem eluati, sed positivum erat in probationibus Abbott SARS-CoV-2 et Sansure Biotech nCoV-2019. Hoc suggerit variabilitatem in eventibus inter diversa genera probationum exstare posse. Nihilominus, in studio in Sinis15 peracto, eventus probationis Daan Gene significanter differt (p < 0.05) comparatus cum probatione referentiali in laboratorio definita. Nihilominus, in studio in Sinis15 peracto, eventus probationis Daan Gene significanter differt (p < 0.05) comparatus cum probatione referentiali in laboratorio definita. ем не енее, в исследовании, проведенном в итае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p. лабораторного талонного анализа. Attamen, in studio in Sinis15 facto, eventus analysis Daan Gene significanter differt (p < 0.05) ab analysi referentiali laboratorio facta.15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）。15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 днако в исследовании, проведенном в итае15, результаты генетического теста Daan начительплисль (p. сравнению с его талонным лабораторным тестом. Attamen, in studio in Sinis15 facto, eventus probationis geneticae Daan significanter differebant (p < 0.05) comparati cum probatione laboratorium referentiali.Haec discrepantia fortasse ob sensibilitatem probationis referentialis ad SARS-CoV-2 detegendum est, et studia ulteriores ad causam determinandam fortasse magni momenti sunt.
Praeterea, studium nostrum perfunctionem comparativam probationis SARS-CoV-2 BGI cum CRS aestimavit, ostendens excellentem concordantiam positivam percentualem (PPA = 97.9%), concordantiam negativam percentualem (NPA = 100%), et concordantiam generalem percentualem secundum genus (OPA). = 98.8%). Valores Kappa Cohen bonam concordantiam ostenderunt (K = 0.975). Studia in Nederlandia16 et Sinis15 eventus constantes ostenderunt. Probatio SARS-CoV-2 BGI est probatio detectionis unius geni (ORF1a/b) utens 10 µl eluati amplificationis/detectionis. Quamquam bona concordantia statistica cum nostris eventibus referentialibus est, analysis duas exempla positivas (1.22%) ex toto exemplo omisit. Hoc implicationes clinicas ingentes pro dynamicis transmissionis tam in gradu aegroti quam communitatis habere potest.
Alia analysis comparativa in hoc studio inclusa fuit experimentum Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); proportio congruentiae generalis erat 96.3%. Robur concordantiae etiam determinatum est valore Kappa Cohen, qui erat 0.925, concordantiam plenam cum CRS indicans. Iterum, nostrae conclusiones identicae sunt studiis peractis apud Universitatem Centralem Australem Changshae in Sinis, et apud Sectionem Laboratorii Clinici Nosocomii Populi Liuzhou, Urbis Liuzhou, Sinis17. Quamquam bona concordantia statistica supra scripta observata est, probatio chi-quadrata (probatio MacNemar) demonstravit exitum probationis Sansure Biotech differentiam statistice significantem habuisse comparatum cum CRS (p < 0.005). Quamquam bona concordantia statistica supra scripta observata est, probatio chi-quadrata (probatio MacNemar) demonstravit exitum probationis Sansure Biotech differentiam statistice significantem habuisse comparatum cum CRS (p < 0.005). есмотря на то, что ло афиксировано указанное выше орошее статистическое соответствие, (критекрий критекрий критекрий ороее статистическое Макнемара) показал, чттзультат Анализа Sansure Biotech имеет Статистически чзнавнию С CRS (P <0,005). Quamquam bona congruentia statistica supra observata est, probatio chi-quadrata (probatio McNemar) demonstravit exitum probationis Sansure Biotech differentiam statistice significantem habuisse comparatum cum CRS (p < 0.005).MacNemar Sansure Biotech CRS p <0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性, 但 检验 ((Macnemar 检验 表明 ,, Sansure Biotech 检测 结果 与 CRS 相比 具有 显着 ((P <0.005 ...............))) 0.005 ...............))), 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 ...............))) 0.005 есмотря на отмеченное выше орошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерийа) пакнерий акнерий акнерий акнерий акнери статистически начимую разницу (p< 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Quamquam bona congruentia statistica supra notata est, probatio chi-quadrata (probatio McNemar) differentiam statistice significantem (p < 0.005) inter probationem Sansure Biotech et CRS ostendit.Sex exempla (3.66%) falso negativa inventa sunt comparata cum CRS (Tabula Supplementaria 1); hoc magni momenti est, praesertim data dynamica transmissionis virus. Data supradicta etiam hanc humilem detectionis ratem confirmant15.
In hoc studio, valores Ct pro singulis experimentis et suggestis respectivis determinati sunt, minimo valore Ct medio in experimento Abbott SARS-CoV-2 relato. Hoc resultat fortasse ad systema simultaneum probationum geneticarum compositarum Abbott ad detectionem SARS-CoV-2 pertinere potest. Ergo, secundum Figuram 1, 87.6% eventuum Abbott SARS-CoV-2 valores Ct infra 20 habuerunt. Solum parvus numerus eventuum exemplorum (12.4%) in ambitu 20-30 erat. Valores Ct supra 30 non notati sunt. Praeter usum formae probationum geneticarum panel SARS-CoV-2 ab Abbott, hoc resultat fortasse ad limitem inferiorem detectionis (32.5 RNA exemplaria/mL)18 pertinere potest, qui ter minor est quam limes inferior societatis 100 RNA exemplaria/mL/ml)19.
Hoc studium quasdam limitationes habet: primo, methodos normales/referentiales [velut onus virale vel alia experimenta laboratorium (LDA)] propter inopiam opum non habemus. Secundo, omnia specimina in hoc studio adhibita penicilli nasopharyngei fuerunt, dum eventus ad alia genera speciminum non pertinebant, et tertio, magnitudo speciminis nostri parva erat.
Hoc studium comparavit efficaciam quattuor probationum rRT-PCR ad SARS-CoV-2 utens exemplaribus nasopharyngeis. Omnia probationes detectionis efficaciam fere comparabilem habuerunt, excepto probatione Sansure Biotech. Praeterea, proportio positivitatis humilis in examine Sansure Biotech comparata cum CRS (p < 0.05) identificata est. Praeterea, proportio positivitatis humilis in examine Sansure Biotech comparata cum CRS (p < 0.05) identificata est. роме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Praeterea, examen Sansure Biotech parvam proportionem eventuum positivorum comparatum cum CRS ostendit (p < 0.05).CRS Sansure Biotech (p <0.05)。CRS Sansure Biotech (p <0.05)。 роме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Praeterea, experimentum Sansure Biotech inferiorem ratam positivitatis comparatum cum CRS habuit (p < 0.05).Analysis PPA, NPA et consensus generalis secundum Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) 93.5% superavit, cum valore consensus roboris Cohen Kappa 0.925. Denique, experimentum Sansure Biotech (RUO) ulteriorem validationem ad usum in Aethiopia requirit, et investigationes ulterius considerandae sunt ad assertiones a singulis fabricatoribus aestimandas.
Studium comparativum in quattuor valetudinariis Addis Ababae peractum est: Nosocomio Eka Kotebe, Centro Curationis Ecclesiae Millennii, Nosocomio Memoriali Zewooditu, et Nosocomio Specialistico Tuberculosi Sancti Petri. Data inter diem 1 et 31 Decembris 2020 collecta sunt. Valetudinarii pro hoc studio consulto electi sunt propter magnum numerum casuum et praesentiam maiorum centrorum curationis in urbe. Similiter, instrumenta, inter quae ABI 7500 et Abbott m2000 instrumenta PCR in tempore reali, secundum commendationes fabricatorum reagentium NAAT selecta sunt, et quattuor apparatus detectionis PCR pro hoc studio selecti sunt, cum pleraque laboratorium in Aethiopia saltem quattuor ex eis uterentur. Examen geneticum, examen Abbott SARS-CoV-2, examen Sansure Biotech, et examen SARS-CoV-2 BGI (per studium peractum).
Examen SARS-CoV-2 a die 1 Decembris ad diem 30 Decembris anni 2020 peractum est, utens 3 ml Medii Transportationis Viralis (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Sina) ab individuis sub investigatione pro COVID-19 ad EPHI relatis. Exempla nasopharyngea a collectoribus exemplorum peritis collecta et ad EPHI in fasciculis triplicibus missa sunt. Ante isolationem acidi nucleici, unicuique exemplo numerus identificationis unicus assignatur. Extractio ex unoquoque exemplo statim post adventum perficitur, methodis extractionis manualibus et automaticis utens. Itaque, ad extractionem automaticam Abbott m2000, 1.3 ml (inclusis 0.8 ml voluminis mortui et 0.5 ml voluminis ingressus extractionis) ex unoquoque exemplo extractum est et per Systema Praeparationis Exemplorum DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA) transmissum est. ) Grex 96 exemplorum [92 exemplorum, duo moderamina detectionis, et duo moderamina non-formalia (NTC)] in processu generali (recuperatione et detectione) duorum circuituum SARS-CoV-2 (EUA) in tempore reali inclusus est. Similiter, pro extractione manuali, eadem exempla (pro extractione et inventione automatica) adhibentur. Ita, per totum processum, 140 µl exemplorum in aliquotas divisa et extracta sunt utens QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germania) in gregibus 24 (inclusis 20 exemplis, duobus moderaminibus et duobus NTC) per novem circuitus. Eluata manualiter extracta amplificata et detecta sunt utens cyclatore thermali ABI 7500 utens SARS-CoV-2 BGI test, Daan Gene test, et Sansure Biotech test.
Automata isolatio et purificatio RNA viralis SARS-CoV-2 principium globulorum magneticorum sequitur, utens reagentis Abbott ad exempla DNA praeparanda. Inactivatio exemplorum et solubilizatio particularum viralium perficitur detergente guanidini isothiocyanatum continente, ut proteinum denaturatur et RNase inactivetur. RNA deinde a proteino separatur per separationem phasium solidarum utens silica, id est, sal guanidinii et pH alcalinum liquoris lysis nexum acidorum nucleicorum cum silica (SiO2) promovent. Gradus ablutionis proteinas et detrita residua removet, ut solutio clara producatur. RNA pellucida ex microparticulis silicae fundatis isolatur, utens campo magnetico instrumenti20,21. Contra, isolatio et purificatio manualis RNA perficitur methodo columnae rotatoriae utens centrifugatione loco stativi magnetici et separatione microparticulorum ab eluente.
Examen Detectionis SARS-CoV-2 in Tempore Reali Abbott (Abbott Molecular, Inc.) secundum instructiones fabricatoris peractum est, qui EUA19,22 ab OMS et FDA accepit. In hoc protocollo, inactivatio speciminis ante extractionem in balneo aquae ad 56°C per 30 minuta peracta est. Post inactivationem virus, extractio acidi nucleici in instrumento Abbott m2000 SP ex 0.5 ml VTM utens systemate praeparationis speciminis DNA Abbott m2000 peracta est, secundum instructiones fabricatoris. Amplificatio et detectio peractae sunt utens instrumento Abbott m2000 RT-PCR, et detectio duplex pro genis RdRp et N peracta est. ROX) et VIC P (tinctura propria) ad designandum et detegendum moderamina interna peracta est, permittens detectionem simultaneam utriusque productorum amplificationis 19.
Methodus detectionis amplificationis huius apparati in technologia RT-PCR uno gradu fundatur. Gena ORF1a/b et N ut regiones conservatae a Daan Gene Technology selecta sunt ad amplificationem regionis scopi detegendam. Initia specifica et probationes fluorescentes (probationes geni N cum FAM notatae, probationes ORF1a/b cum VIC notatae) designatae sunt ad RNA SARS-CoV-2 in exemplaribus detegendum. Eluens finalis et mixturae magistrales praeparatae sunt addendo 5 µl eluentis ad 20 µl mixturae magistralis ad volumen finale 25 µl. Amplificatio et detectio simul in instrumento PCR temporis realis ABI 750024 peractae sunt.
Gena ORF1a/b et N detecta sunt utens Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (detectio PCR fluorescens). Specificae probationes pro quolibet gene scopo praeparantur, canalem FAM pro regione ORF1a/b et canalem ROX pro gene N eligendo. Huic apparatui probationis, eluens et reagentia mixtionis magistralis hoc modo adduntur: 30 µl reagentis mixtionis magistralis et 20 µl exempli eluati ad detectionem/amplificationem praeparantur. PCR in tempore reali ABI 750025 ad amplificationem/detectionem adhibitum est.
Examen BGI SARS-CoV-2 est instrumentum fluorescens rRT-PCR in tempore reali ad diagnosin COVID-19. Regio scopum sita est in regione ORF1a/b genomi SARS-CoV-2, quae methodus detectionis unius geni est. Praeterea, gen humanum domesticum β-actin est gen scopum interne regulatum. Mixtura principalis paratur miscendo 20 µl reagentis mixturae principalis et 10 µl exempli RNA extracti in lamina puteorum26. Instrumentum PCR quantitativum fluorescens ABI 7500 in tempore reali adhibitum est ad amplificationem et detectionem. Omnes amplificationes acidorum nucleicorum, condiciones cursus PCR pro singulis experimentis, et interpretatio eventuum peractae sunt secundum instructiones respectivi fabricatoris (Tabula 3).
In hac analysi comparativa, methodum normae referentialis non adhibuimus ad concordantiam percentualem (positivam, negativam, et generalem) aliosque parametros comparationis pro quattuor analysibus determinandam. Quaeque comparatio probationum cum CRS facta est; in hoc studio CRS regula "quodlibet positivum" statuta est, et eventus determinatus est, non uno examine, sed saltem duobus congruentibus probationum eventibus usi sumus. Praeterea, in casu transmissionis COVID-19, eventus falso negativi periculosiores sunt quam eventus falso positivi. Ergo, ut "positivum" quam accuratissime ex eventu CRS dicamus, saltem duo probationes positivae esse debent, quod significat saltem unum eventum positivum probabiliter ex examine EUA provenire. Ita, ex quattuor eventibus probationum, duo vel plura eventus probationum qui eundem eventum dant veri positivi vel negativi considerantur18,27.
Data per formulas extractionis datorum structas collecta sunt, inscriptio et analysis datorum per programmata statistica Excel et SPSS versione 23.0 ad statistica descriptiva peractae sunt. Concordantia positiva, negativa, et generalis per centum analysata est, et scala Kappa adhibita est ad gradum concordantiae cuiusque methodi cum CRS determinandum. Valores Kappa hoc modo interpretantur: 0.01 ad 0.20 pro concordantia levi, 0.21 ad 0.40 pro concordantia generali, 0.41-0.60 pro concordantia moderata, 0.61-0.80 pro concordantia maiori, et 0.81-0.99 pro concordantia completa.
Approbatio ethica ab Universitate Addis Ababae obtenta est et omnia protocolla experimentalia huius studii a Consilio Revisionis Ethicae Scientificae Instituti Salutis Publicae Aethiopicae probata sunt. Numerus referentiae pro Licentia Ethica EPHI est EPHI/IRB-279-2020. Omnes methodi adhibitae sunt secundum commendationes et provisiones Instructionum Nationalium Aethiopicarum Comprehensivarum ad Curationem COVID-19. Praeterea, consensus informatus scriptus ab omnibus participibus studii ante participationem in studio obtentus est.
Omnia data in hoc studio obtenta vel analysata in hoc articulo edito continentur. Data quae eventus huius studii sustinent, ab auctore respectivo, si rationabiliter petantur, praesto sunt.
Ordo Mundi Sanitarius. Commendationes de Strategiis Probationum Laboratoriarum pro COVID-19: Consilia Interimaria, 21 Martii 2020. Numerus: WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (OMS, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis callida COVID-19 in sectione emergentiae: Omnia in praxi. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis callida COVID-19 in sectione emergentiae: Omnia in praxi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. et Gurgulianis, KI Diagnosis intelligens COVID-19 in sectione curationis urgentis: omnia in praxi.Muliou DS, Pantazopoulos I. et Gurgulyanis KI. Diagnosis intelligens COVID-19 in nosocomiis urgentibus: integratio ab initio ad finem in praxi. Reverendus Peritus Respire. medicina. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL et St George, K. Aestimatio probationis COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL et St George, K. Aestimatio probationis COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL et St. George, K. Aestimatio probationis COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL et St. George K. Aestimatio probationis COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Detectio laboratorium morbi coronaviri 2019 (COVID-19) in suspecto morbo humano. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (accessum die 15 Augusti 2020) (OMS, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis COVID-19: Morbi et Instrumenta Probationis. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. *Conditio Collegii Pathologorum Africae Orientalis, Centralis et Australis – Schola Pathologiae Regionalis Orientis Medii et Africae Australis*. Africa. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Institutum Aethiopicum Salutis Publicae, Ministerium Salutis Foederale. Strategia Nationalis Interimaria et Consilium ad Diagnosin Laboratoriam COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (accessum die XII Augusti MMXX) (EPHI, MMXX).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS. Experimenta falso negativa de provocationibus et implicationibus infectionis SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS. Experimenta falso negativa de provocationibus et implicationibus infectionis SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. et Kesselheim AS. Examinationes falso negativae pro infectionibus SARS-CoV-2 et earum consequentiis.Voloshin S., Patel N. et Kesselheim AS. Examinationes falso negativae ad provocationem et effectum infectionis SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS et Gourgoulianis, KI. Casus COVID-19 falso positivi et falso negativi: rationes praeventionis et curationis respiratoriae, vaccinatio, et ulteriores prospectus. Mouliou, DS et Gourgoulianis, KI. Casus COVID-19 falso positivi et falso negativi: rationes praeventionis et curationis respiratoriae, vaccinatio, et ulteriores prospectus. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI ожноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и лактика и лактика вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS et Gourgoulianis, KI. Casus falso positivi et falso negativi COVID-19: rationes praeventionis respiratoriae et curationis, vaccinatio et via in futurum.Muliu, DS et Gurgulianis, KI. Casus falsopositivi et falsonegativi COVID-19: rationes ad praeventionem et curationem respiratoriam, vaccinationem et viam in futurum. Reverendus Peritus Respire. Medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 in sectione curationis subitae: Arborem videre sed silvam amittere. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 in sectione curationis subitae: Arborem videre sed silvam amittere.Mouliou, DS, Ioannis, P. et Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 in Sectione Emergentiae: Arborem Vide, Silvam Amitte.Muliou DS, Ioannis P., et Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 in Cubiculis Emergentis: Non Satis Silvae Arboribus. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. *Confirmatio et confirmatio effectus analytici et clinici probationis Abbott RealTime SARS-CoV-2*. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparatio quinque serierum primeriorum ex diversis regionibus genomatis COVID-19 ad detegendam infectionem viralem per RT-PCR conventionalem. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparatio quinque serierum primerorum ex diversis regionibus genomatis COVID-19 ad detegendam infectionem viralem per RT-PCR conventionalem.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. et Aflatunyan, B. Comparatio quinque serierum primerorum ex diversis regionibus genomae COVID-19 ad detegendam infectionem viralem per RT-PCR conventionalem. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19 不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparatio quinque regionum geneticarum diversarum COVID-19 ad detegendam infectionem viralem per RT-PCR conventionalem.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. et Aflatunyan B. Comparatio quinque serierum primerorum ex diversis regionibus genomae COVID-19 ad detegendam infectionem viralem per RT-PCR conventionalem.Persia. Acta Diurna de Microbiologia. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Resultata praeliminaria programmatis nationalis externae aestimationis qualitatis ad detectionem sequentiarum genomatis SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Aestimatio Analytica Efficaciae Quinque Instrumentorum RT-PCR pro Syndroma Respiratoria Acuta Gravi Coronavirus 2. J. Clinical. laboratorium. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Aestimatio septem instrumentorum detectionis RNA SARS-CoV-2 commercialiter praesto in Sinis, fundatorum in reactione concatenationis polymerasis (PCR) in tempore reali. Clinica. Chemica. Laboratoria. Medicina. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Comparatio septem instrumentorum diagnosticorum commercialium RT-PCR COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Comparatio effectus diagnostici duorum instrumentorum PCR ad detectionem acidorum nucleicorum SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratorium. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, etc. Studium comparativum quattuor suggestuum amplificationis acidi nucleici (NAAT) SARS-CoV-2 demonstravit efficaciam ID NOW significanter imminutam esse secundum genus aegroti et exempli. diagnosis. microbiologia. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molecula Abbott. Insertio fasciculi analysis SARS-CoV-2 in tempore reali pro Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Ex die 10 Augusti 2020) (2020).
Klein, S. et al. Isolatio RNA SARS-CoV-2 utens globulis magneticis ad detectionem rapidam magnae scalae per RT-qPCR et RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).